Šlapimo takų šistosomozės paplitimas dykumos populiacijoje: Ouniangos ežero Čade tyrimo rezultatai | Infekcinės skurdo ligos

Šlapimo takų šistosomozės paplitimas dykumos populiacijoje: Ouniangos ežero Čade tyrimo rezultatai |  Infekcinės skurdo ligos

Tyrėjų vieta ir populiacija

Tyrimas buvo atliktas 2019 m. sausio mėn. Ounianga ežeruose ir dviejose Ounianga Kebir ir Ounianga Serir vietose, Ennedi Ouest rajone Šiaurės Čade (1 pav.). Ežerai yra 40 kilometrų atstumu vienas nuo kito sausringoje Sacharos dykumoje, kur dienos temperatūra yra aukšta ir iškrenta mažiau nei 5 mm kritulių per metus. Ežerai maitina ežerą po žeme, o kai kuriuose ežeruose sulaiko gėlą vandenį, nepaisant aukšto apsaugos lygio. Kartu Ounianga ežerai yra unikali vandens sistema [18].

figūra 1

Žemėlapis, kuriame rodomi Ounianga Kebir ir Ounianga Serir ežerai ir vietos Šiaurės Čade

Ounianga Kebir gyventojų tankumas pagal naujausią šalies gyventojų skaičių yra apie 9000 žmonių, o Ounianga Serir – apie 1000 žmonių. [19]. Dauguma šių žmonių priklauso vienai iš trijų kultūrinių grupių – Tedega, Dazaga Toubou ir Zaghawa. Jų pagrindinės profesijos yra ūkininkavimas, natronų auginimas ir prekyba. Abiejuose kaimuose veikia pradinės mokyklos, o ne vidurinės. Tai vienintelė visuomenės sveikatos ligoninė Ounianga rajone, esanti Ounianga Kebir mieste, joje gyvena 30 000 žmonių. Ounianga Serir neturi medicinos įstaigos; gyventojų yra įkūrę sveikatos stulpą, kad teiktų sveikatos paslaugas kaimo žmonėms.

Parazitologiniai tyrimai

Ounianga Kebir ir Ounianga Serir gyventojai, vyresni nei 5 metų, turėjo teisę dalyvauti. Dauguma eksperimentų buvo sukurti naudojant Epi Info 7.1.3.3 (ligų kontrolės centrai (CDC), Atlanta, GA 30333, JAV). Naudoti parametrai buvo „populiacijos tyrimas“, kurio dvimatės reikšmės yra 95%, vidurkis – 50%, o bendra populiacija – 10 000, todėl atrinkta 370. Palyginti su visu populiacijos dydžiu, pasiskirstymo modelis. Ounianga Kebir mieste yra 330 žmonių, o Ounianga Serire – 40 žmonių. Šeimose ir pradinėse mokyklose asmenys buvo atsitiktinai atrinkti naudojant modeliavimo metodiką iš ketvirtosios pataisos programos. PSO epidemiologija (EPI), kaip paskelbta anksčiau. [20]. Gavus kiekvieno pasirinkto asmens žodinį sutikimą arba vaikų statusą iš jų globėjų, buvo paprašyta surengti demonstraciją šlapinimasis po pietų, po. S. hematobium žinomos didelės kiaušinių trynių normos [21]. Ligoninėje buvo įrengta mobiliųjų telefonų laboratorija, taip pat sveikatos postas. Šlapimo mėginiai buvo tiriami dėl kraujavimo atliekant atskirus tyrimus (Hemastix; Siemens Healthcare Diagnostics GmbH; Eschborn, Vokietija) ir klasifikuojant sunkų, lengvą ir sunkų kraujavimą, kaip aprašyta bandymų vadove. Vėliau 10 ml mėginio buvo panaudota šlapimui valyti naudojant švirkštą ir įšvirkščiama į 13 mm skersmens 20 μm vielos tinklo filtrą (Sefar AG; Heiden, Šveicarija), po to mikroskopu buvo atliktas filtro tyrimas, ar nėra. apie S. hematobium kiaušiniai. Ligos sunkumas buvo nustatytas pagal 3 kategorijas, kurias PSO apibrėžė: neserga (0 kiaušinių / 10 ml šlapimo), silpna liga (1–49 kiaušiniai / 10 ml šlapimo) ir sunki liga (50 ar daugiau kiaušinių / 10 ml). šlapimas.) [22]. Buvo atliktas šlapimo kasetinis tyrimas (Rapid Medical Diagnostics; Pretorija, Pietų Afrika). S. mansoni užkrečiamos ligos. POC-CCA egzaminas naudoja atgalinį modelį ir leidžia testuoti suaugusiuosius. Schistosoma CCA kirminai šeimininko šlapime, į mėginį pridedant monokloninio antikūno koloidinio anglies konjugato, ir anksčiau buvo patvirtintas dėl jo veikimo ekstremaliomis aplinkos sąlygomis, kaip pasitaiko Sacharoje. [23, 24].

Specializuotas tyrimas

Abiejuose kaimuose buvo numatyta po vieną specialią konsultaciją (FGD) su vyrais ir vieną su moterimis. Be to, vienas FGD buvo suorganizuotas su ligoninės personalu Ounianga Kebir mieste. Ounianga Serir mieste buvo atliktas išsamus interviu (IDI) su asmeniu, atsakingu už sveikatos biurą. Konsultacijų gairėse aptariamos temos apima sveikatos problemų, požiūrių ir elgesio prioritetų nustatymą ir prioritetų nustatymą. FGD ir IDI padėjo vertėjas, kuris išvertė pokalbį iš arabų į prancūzų kalbą, todėl mokslininkai galėjo komentuoti. FGD ir IDI techniniai duomenys buvo išversti ir perrašyti Prancūzijoje, taip pat duomenys, gauti atliekant FGD ar IDI.

Malakologiniai tyrimai

Abiejose vietose pavienių kaimo gyventojų ir studentų buvo paprašyta vesti komandą į visas vietas, kuriose dažnai susiduriama su vandeniu. Kiekvienoje vietoje, naudojant nešiojamąjį multimetrą (Hach), buvo registruojamos GPS koordinatės ir vandens temperatūra (° C), pH, laidumas (µs/cm) ir deguonies išsklaidymas (mg/L).®, HQ40D, Loveland, ISA). Vakuumui buvo naudojamas turbidimetras [Formazin Nephelometric Units (FNU); Hach®, 2100P Iso]. Sūrio mėginiai buvo imami pagal įprastas gaires. Trumpai tariant, 15 minučių visą sūrį vienas žmogus rinko šaukštu ar šakute, ištraukdamas jį iš vandens mažais pagaliukais. [25]. Galiausiai sūris buvo dedamas ant pieno vatos Petri lėkštelėse ir atiduotas į laboratoriją. Gyvatė buvo identifikuota pagal rūšis arba, jei įmanoma, pagal rūšis svetainėje. Po pietų visi sūriai, surinkti siekiant įrodyti, kad jie yra tos pačios rūšies, dedami į šulinį, pripildytą geriamojo vandens butelių, ir tris valandas laikomi dienos šviesoje, kad suaktyvėtų kraujotaka. [26]. Sūrio dydis (mm) ir svoris (mg) buvo matuojamas naudojant kalibrą ir balansą. Galiausiai visi sūrio pavyzdžiai buvo konservuoti 70% etanolyje ir išsiųsti į Nacionalinį istorijos muziejų Londone (NHM) analizei.

Gyvačių rūšių identifikavimas kurmių metodais

Mėginio analizei atrinkti sūrio mėginiai atspindi asmenis iš kiekvieno surinkimo punkto. Atvykus į NHM, buvo rekomenduota identifikuoti rūšis pagal morfologinius požymius ir absoliučiuosius etanolio mėginius, kad jie būtų surinkti į Gamtos istorijos muziejaus (SCAN) šistosomozės kolekciją. [27]. Sūrio lukštų nuotraukos buvo padarytos prieš pašalinant DNR. Mėginiai buvo dedami į TE odą (10 mmol / L Tris, 0,1 mmol / L EDTA), pH 7,4, vienai valandai, kad iš organizmo būtų pašalintas likęs etanolis, kuris gali trukdyti tolesniems pašalinimo etapams. [28]. Visa genomo DNR buvo išskirta iš žuvies galvos / kojų naudojant DNeasy Blood and Tissue rinkinį (Qiagen, JK) pagal gamintojo instrukcijas. DNR buvo mirkoma 200 μl gryno vandens.

Didėjantis d Cox1 sūrio DNR fragmentacija

Polimerazės grandininės reakcijos (PGR) sekos nustatymas yra citochromo oksidazės 1 dalis (Cox1) seka buvo atlikta naudojant pradmenis LCO1490 (5′-GGTCAACAAATCATAAAG ATATTGG-3 ′ priekyje) ir HCO2198 (5′-TAAACTTCAGGGTGACCAAAAAAATCA-3 ′ gale) [29]. PGR tyrimai ir sekos buvo parinkti taip, kaip aprašyta anksčiau [28, 30].

Sekos įrašų tikrinimas

Pagamintos elektroferogramos buvo patikrintos naudojant Cox1 Geneious vartotojo vadovas, 11.0.5 versija (http://www.geneious.com) [31]. Sekos palygintos su duomenų bazės duomenimis, atliekant BLAST analizę per Nacionalinį biotechnologijų informacijos centrą, palyginti su GenBank ir EMBL sekų duomenų bazėmis; ir atitinka nuorodas.

Užsakyti d Schistosoma spp. kiaušiniai šlapime

Smulkūs šlapimo mėginiai iš Ouinanga Kebir buvo sujungti į septynis skirtingus telkinius po 8–12 ml, Ouinanga Serir kaimuose – po 12 ml. Mėginiai buvo išsiųsti į Šveicarijos atogrąžų ir visuomenės sveikatos instituto (Šveicarijos TPH) tyrimų centrą Bazelyje, Šveicarijoje tolesniam apdorojimui. Ten kiekvienas baseinas buvo padidintas iki 3000 × g mėn 10 min. Maždaug 500 µl nuosėdų buvo atgaivinta ir patalpinta į 2 ml mėgintuvėlį su kulkomis. Pridėjus 1 ml PBS, mėginys buvo inkubuojamas 1 minutę 13 000 × g o geriausia buvo palikta. Granulės su kulkomis buvo užšaldytos 30 minučių -80 ° C temperatūroje ir maišomos, kaip aprašyta Barda ir jo kolegos. [32, 33]. Pirmiausia modeliai buvo atrinkti naudojant bendrąjį simpleksą Schistosoma spp. 28S realaus laiko amplifikacijos PGR S. mansoni, S. hematobium, S. intercalatum, S. bovis [34] ir kitas S. japonicum dėl pakeitimų, pridėtų prie antrojo bandomojo egzemplioriaus (1 priedas: S1 lentelė). Skiriamoji geba yra 1 × TaqMan GenExpression MasterMix (ThermoFisher Scientific, Bazelis, Šveicarija), 800 nmol priekinio skilimo, 400 nmol kiekvieno priekinio skilimo ir 200 nmol pašarų. Tada mėginiai buvo analizuojami naudojant dvipusį realaus laiko PGR, siekiant nustatyti konkrečios medžiagos buvimą S. mansoni TRE regionas ir o S. hematobium dra1 seka [34, 35]. Kiekvienas atsakymų derinys turi 1 ×TaqMan GenExpression MasterMix (ThermoFisher Scientific, Bazelis, Šveicarija), 800 nmol kiekvieno pradmens, 200 nmol kiekvieno zondo (papildomas 1 paveikslas: S1 lentelė). Visų QuantStudio5 (ThermoFisher) bandymų termoprofilį sudarė 2 min. 50 °C temperatūroje, 10 min 95 °C temperatūroje, po to 45 ciklai po 15 95 °C temperatūroje ir 1 min. 58 °C temperatūroje. Visų bandymų specifiškumas Anksčiau tirti dideli DNR kiekiai iš išmatų ir kraujo mėginių:Ascaris lumbricoides, Blastocystis hominis, Cryptosporidium spp., Dientamoeba fragilis, Encephalitozoon spp., Endolimax nana, Entamoeba coli, E. dispar, E. histolytica, E. moshkovskii, E. polecki, Enterocytokardia. biusiusiusi, Giokardija biusiusiusi ,, sarkocistas spp. , Taenia spp ., Strongyloides stercoralis, Trichuris trichiura, Plasmodium falciparum, P. vivax, P. malariae, P. ovale, Trypanosoma cruzi, T. brucei, Leishmania spp. ir nustatyta, kad tai 100% asmeninis. Standartinis nuokrypis (LOD) buvo matuojamas iš plazmidės gauta tiesine nuo 10.7 10 val–1 plazmidžių/µl turi intarpą ir seką Schistosoma realaus laiko PGR produktai ir buvo gauti esant 10 plazmidžių/µl visiems testams. Į PGR mėginius kiekvieną kartą ir kiekvienam tikslui įtraukėme kokybės ir kokybės kopijų plazmidės kontrolę.

Galiausiai visi mėginiai, ištirti įprastiniu PGR, buvo COX genas oS. hematobium mama S. bovis kaip pasikeitė iš Boon ir bendradarbių (papildomas 1 paveikslas: S1 lentelė) [36]. Reagavimo sistema turi 1 × HotStarTaq Įpilkite pagrindinio mišinio (Qiagen, Hilden, Vokietija), 800 nmol kiekvieno pirmtako, 5 µl DNR į bendrą 50 μl tirpalą. Termoprofilį sudarė 5 min. 94 °C temperatūroje, po to sekė 40 ciklų po 40 si 94 °C temperatūroje, 40 si 58 °C temperatūroje ir 1 min. 72 °C temperatūroje, o paskutinė stadija – 10 min 72 °C temperatūroje. 2% agarozės gelio, idealus mėginys buvoS. Bovis-COX PCR buvo pristatytas Sanger apdorojimui ir plėtros prioritetų nustatymui Microsynth AG (Baldachas, Šveicarija). Tada seka buvo palyginta su duomenų rinkiniu, atliekant BLAST tyrimą per Nacionalinį biotechnologijos informacijos centrą. Užsakymą galite gauti GenBank adresu: MW937895. Duomenų ir analizės lentelę rasite priede (1 priedas: S1 lentelė).

Duomenų analizė

Parazitologinių ir malakologinių duomenų analizė buvo naudojama naudojant STATA 16.0 versiją (STATA Corp. Inc., TX, JAV) ir ArcGIS (10.7.1 versija; ESRI Inc. ArcMap™ 10.7, Redlands, CA, JAV). Duomenų analizė apima išsamią visos literatūros apžvalgą, po kurios atliekama aiškinamoji ir susijusi analizė.

Parašykite komentarą

El. pašto adresas nebus skelbiamas. Būtini laukeliai pažymėti *